Rogue Agent ismertető 2048-ra a korrupt kormány elvesztette az irányítást Rain City felett. Hiába járőröznek városszerte a rendőrök, a bűn beette magát a város mindennapjaiba. Itt jelent meg egy újabb rendfenntartó erő, a titokban tevékenykedő Fejvadászok Ügynöksége, melynek tagjaként a játékosoknak bűntényeket kell megelőzniük és megtörtént bűnesetek elkövetőit kell elkapniuk, át kell vészelniük a bűnözés mindent elárasztó hullámait és ki kell deríteniük a soraik közé férkőzött áruló kilétét. Hamisítatlan cyberpunk hangulatban kalandozhatunk ebben a játékban, ahol folyamatosan fejlődő ügynökünket kell győzelemre vezetnünk egy látszólag vesztésre álló háborúban.