Az Endless Ocean 2: Adventures of the Deep sokkal jobb grafikával és nagyobb játékterülettel, mint a korábbi játék, az Endless Ocean. Hat különféle merülési helyszínre látogathatunk el, köztük sarki és folyóval rendelkező területhez is.

A játék cselekménye egy Océane nevű nő körül forog, akinek édesapja egy óceán felderítő volt, és a lánya szeretné folytatni apja munkáját a Song of Dragons felkutatásában, mely dal elveszett a Csendes-óceánban. Océane-t nagyapja, Jean-Eric segíti, akivel él. Az első játékból ismert delfin segít nekünk, akit meg is lehet lovagolni így könnyebben tudunk eljutni a kívánt célig. Eladhatunk megtalált kincseket pénzért, és vehetünk belőle különféle tárgyakat, melyeket a saját akváriumunk díszítésére használhatunk. Most már a cápák és krokodilok is támadhatnak és jelet adnak a támadások előtt, de a Pulsar segítségével elriaszthatjuk őket.